GGGenome Help | English

データベース：
 

ミスマッチ/ギャップを許容 ミスマッチのみ許容 ： 塩基まで (検索する配列長の25%まで)
双方向を検索 ＋方向のみ検索 －方向のみ検索

2025-04-03 16:18:46, GGGenome : DDBJ release 134.0 (Mar, 2024)

Summary:

Results:

検索語に色がつきます（ミスマッチ・挿入欠失）。

Anas platyrhynchos genome assembly, chromosome: 21.
LS423631.1:2541876-2541895
GTGTGTCTCCACACACAGCCCTGCTCTCAG2541876TCTTCTGCTCCAAATCAGATGCTCGGATGCCAATGTCAGTGGTATCAATT
Spodoptera exigua genome assembly, chromosome: 23.
LR824624.2:11306190-11306209
AGCTTACTGAGTAAAATCCATTCCACCAAT11306190TCTTCTGCTCCAAATCAGATCGCGGAATATCATTGCGCCTACATCCGCAA
Branchiostoma lanceolatum genome assembly, chromosome: 7.
OV696692.1:19242744-19242763
CGGAAATGCCGGAATGTCACAATGTTCTCA19242744TCTTCTGCTCCAAATCAGATACTAGATAACTGGAATTCCCCAATTTACAT
Lucinisca nassula genome assembly, chromosome: 12.
OY757021.1:42054583-42054602
TTGTAGAAGAAAAAATTTGATATATTCCCT42054583TCTTCTGCTCCAAATCAGATTAACCCTTTTTGTACCAAATGGAATCATCA
Maratus michaelseni genome assembly, chromosome: 1.
OZ007587.1:18777714-18777733
AACTTCAGAGGACTATGGATCACAATGCGT18777714TCTTCTGCTCCAAATCAGATGAAATTTAAGCTACAGATAATTGAAATGAT

Data Export:

下記のフォーマットで最大100000件まで検索結果を取得できます。

Debug Info:

Redirect URI : https://gggenome.dbcls.jp/ja/ddbj/ATCTGATTTGGAGCAGAAGA
lang : ja | db : ddbj | k : 0 | strand : | nogap : | query_string : ATCTGATTTGGAGCAGAAGA | format : html | download : | debug : 

0.009 | 0.009 | search_start;
0.233 | 0.225 | search_plus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=ATCTGATTTGGAGCAGAAGA&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.327 | 0.094 | search_minus_done; http://172.18.8.135:50400/match?q=TCTTCTGCTCCAAATCAGAT&k=0&no_gap=0&offset=0&limit=50
0.331 | 0.004 | cgi_end;

GGGenome by @meso_cacase at DBCLS
This page is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License (CC BY 4.0).